《南京农业大学学报》（双月刊）创刊于1956年，是南京农业大学主办的综合性农业科学学术期刊，为自然科学版。主要刊登作物遗传育种、生理生态、栽培与耕作，植物病虫草害防治，生命科学，园艺科学，食品科学，动物医学，动物科学，资源与环境科学，农业应用化学及农业工程等学科的研究论文、实验技术、文献综述、科研简报以及反映最新成果的科技快讯。
《南京农业大学学报》获中国自然科学核心期刊、全国优秀科技期刊、第二届江苏省十佳科技期刊、中国期刊方阵“双效”期刊，是美国《ProQuest数据库》；英国《动物学记录》收录期刊。
《南京农业大学学报(社科版)》（双月刊）创刊于2001年，是南京农业大学主办、教育部主管的综合性学术理论刊物，在体现学校学科特色的同时，兼顾其他人文学科。
《南京农业大学学报(社科版)》是坚持以马列主义、毛泽东思想和邓小平理论、“三个在代表”的重要思想为指导，传播社会主义先进文化，关注哲学、社会科学的研究成果，特别是我国改革开放和现代化建设事业中带有全局性、战略性、前瞻性的重大问题的研究成果。举凡有关当代国内国际政治、经济、文化、科技、道德、哲学、宗教等的研究论文均在本刊选用之列。获奖情况：2004-2005年，“农村.农民.农业研究”栏目荣获期刊组优秀栏目二等奖；2010年，“全国百强期刊”；被评为“农村.农业.农民”栏目特色栏目；中文核心期刊(2011)。
